Entro la fine del 1941 i 40.000 ebrei rimasti in Lituania furono incarcerati nei ghetti di Vilna, Kovno, Siauliai e Swieciany, dove furono successivamente liquidati. La maggior parte degli ebrei lettoni era stata assassinata entro la fine del 1941. L’Estonia fu proclamataata come Judenfrei nel gennaio 1942.
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Circa 220.000 ebrei vivevano in Lituania quando i tedeschi invasero l’Unione Sovietica nel giugno 1941. Il giorno dopo l’invasione tedesca dell’Unione Sovietica e anche prima che i tedeschi arrivassero ai principali insediamenti ebraici, scoppiarono rivolte assassine perpetrate dai lituani contro gli ebrei.
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Su incoraggiamento dei tedeschi, le rivolte continuarono e migliaia di ebrei furono assassinati.
L’ingresso della Germania in Lituania è stato accompagnato da atti di omicidio, stupro, saccheggio e abuso. Ponar , una foresta situata a 10 miglia a sud di Vilna, divenne un luogo di sterminio per decine di migliaia di ebrei. Le vittime furono condotte da Vilna e dalle sue vicinanze alle fosse, fucilate da tedeschi e lituani e gettate dentro. Poche sopravvissero ai massacri e, di queste, quasi nessuna riuscì a sfuggire alla popolazione locale. Dal luglio 1941 al 1944, più di 70.000 persone, quasi tutte ebrei, furono assassinate a Ponar.
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Il 15 agosto 1941 il ghetto di Kovno fu sigillato e, secondo gli ordini tedeschi, 20.000 ebrei furono imprigionati nella parte più povera del sobborgo di Slobodka (Williampola). La svolta fatale nella vita dei detenuti del ghetto avvenne il 28 ottobre 1941, quando i tedeschi radunarono tutti gli ebrei nel ghetto e si verificò una brutale selezione. Più di 9.000 residenti del ghetto furono condotti al Nono Forte (uno dei forti che circondano la città) e assassinati. Alla fine del 1941 in tutta la Lituania erano rimasti solo 40.000 ebrei, concentrati in quattro ghetti – Vilna , Kovno, Siauliai e Swieciany – e in alcuni campi di lavoro.
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Nell’estate e nell’autunno del 1943 i ghetti di Vilna e Swieciany furono liquidati e i ghetti di Kovno e Siauliai furono convertiti in campi di concentramento.
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Pochi mesi dopo nel ghetto di Kovno furono assassinati circa 1.200 neonati, bambini e anziani detenuti e molti giovani furono mandati dal ghetto nei campi di lavoro in Estonia . Nel luglio 1944, con Kovno sull’orlo della liberazione da parte dell’esercito sovietico, i ghetti di Kovno e Swieciany furono liquidati e molti dei loro abitanti furono mandati verso ovest in campi in aree ancora sotto il controllo tedesco, tra cui Stutthof , Dachau, e Auschwitz-Birkenau. Circa 10.000 ebrei lituani erano ancora vivi quando la Germania si arrese nel maggio 1945, così come circa 2.000 ebrei fuggiti in Unione Sovietica e sopravvissuti alla guerra lì.
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La Germania occupò la Lettonia all’inizio dell’invasione dell’URSS. A quel tempo nel paese vivevano circa 74.000 ebrei. Le unità dell’Einsatzgruppe A eseguirono il primo omicidio di massa di ebrei lettoni nel luglio 1941. Entro la fine di ottobre, 34.000 ebrei lettoni erano stati assassinati.
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Alla fine di ottobre, 32.000 ebrei furono suggellati in due ghetti a Riga . Nel novembre 1941 Friedrich Jeckeln, un alto ufficiale delle SS, ricevette da Himmler l’ordine di liquidare i ghetti e poi di liquidare tutti gli ebrei lettoni. Tra il 30 novembre e il 7 dicembre 1941, 25.000 ebrei furono assassinati nella foresta di Rumbula . Contemporaneamente furono assassinati anche gli ebrei dei ghetti di Dvinsk e Liepaja.
Prima della seconda guerra mondiale, 4.550 ebrei vivevano in Estonia , il più piccolo degli Stati baltici, circa la metà nella capitale Talinn. L’Unione Sovietica occupò l’Estonia nel 1940 a seguito del patto Ribbentrop-Molotov. I tedeschi conquistarono l’Estonia nel luglio 1941 e molti ebrei fuggirono in Unione Sovietica. Coloro che non riuscirono a fuggire furono posti sotto un rigido regime di restrizioni: furono costretti a indossare la stella gialla e furono spogliati dei loro averi. Con l’arrivo delle unità Einsatzgruppen iniziò la distruzione degli ebrei estoni. Le milizie locali di destra hanno assistito all’omicidio degli ebrei. Nell’ottobre 1941 la maggior parte dei maschi ebrei di età superiore ai 16 anni era già stata assassinata. È stato riferito alla Conferenza di Wannsee (gennaio 1942) che l’Estonia era stata resa con successo “judenfrei”, libera dagli ebrei.